Ancient DNA gives new insights into a Norman Neolithic monumental cemetery dedicated to male elites

Comme je suis, avouons-le, un peu biaisée… J’ai encore choisi un papier qui illustre à quel point on peut faire de jolies choses quand on intègre toutes les données à notre disposition. 

Un bel exemple d’archéo-génomique quoi.

Alors justement, dans ce papier, qu’avons-nous à disposition ?

Une nécropole fouillée de façon exhaustive et qui est une référence pour la Normandie et la culture de Cerny. C’est donc une nécropole dont les pratiques funéraires sont connues et bien documentées

Fleury-sur-Orne est un site néolithique de type Passy (i.e. avec de grands monuments) qui fait partie de la culture Cerny. Je ne suis pas néolithicienne, donc j’aurai du mal à vous en dire plus, mais de ce que j’ai compris, au sein de la culture de Cerny, les pratiques funéraires sont très codifiées et répondent à des règles de statut social et de genre. Une catégorie spécifique est celle des individus dits de « pouvoir », qui sont inhumés avec des flèches (et potentiellement des arcs) et identifiés comme étant des « chasseurs ». Et ce qui est chouette, c’est que les marqueurs d’activités sur les os confirment une activité d’archer. 

A Fleury-sur-Orne, 32 structures de type Passy ont été mise au jour (dont une qui était encore parfaitement préservée) et 17 sépultures sont associées à ces monuments. La plupart des monuments contiennent une sépulture, mais certains, comme les monuments 8, 31 et 37 contiennent deux sépultures et un (monument 28) en a livré 3. Et comme rien n’est jamais simple, il y a aussi une sépulture double qui n’est associée a aucun monument… Et vous pouvez voir tout ça sur la jolie figure ici.

Figure 1 – A) Plan de la nécropole de Fleury-sur-Orne ; B) Ce à quoi pourrait ressembler la nécropole (L. Juhel)

La conservation des restes humains n’étant pas idéale, le sexe morphologique n’a pu être déterminé pour tous les individus, mais il semble tout de même qu’il y ait une prévalence d’hommes. Et tous les individus sont des adultes, même s’il est compliqué d’être plus précis en termes de catégories d’âge.

Des dates. Et ça c’est bien pour comprendre la chronologie du site ! Je vous mets juste après la figure avec la chronologie. Donc ce qu’on voit c’est qu’il y a une majorité d’individus qui sont antérieurs a 4000 cal.BC, et que la phase principale d’occupation du site se situe entre 4600 et 4300 cal. BC. Mais, ce qui est super intéressant, c’est que 3 individus sont postérieurs à cette phase d’occupation, mais sont tout de même inhumes dans les monuments existants (monuments 24, 29 et 31).

Figure 2 – Une chouette figure qui regroupe les dates, le sexe des individus, les marqueurs uni-parentaux et les liens de parenté au 1er degré (on en reparle plus bas !)

Les données génomiques

C’est simple : ils ont tenté d’analyser tous les vestiges humains disponibles ! 9 bonhommes avaient déjà été analyses dans un précédent papier (☞ ici) et ils ont donc ajouté 6 individus. Sur les 19 individus disponibles, ils ont pu obtenir des données génomiques pour 15 d’entre eux. Les joies de l’ADN ancien : comme je vous le disais (mais si, , c’est écrit !) la conservation de l’ADN est aléatoire, au sein d’un même site certains individus vont nous donner de super résultats et d’autres vont préférer garder l’anonymat !

Bon, et puis ensuite il faut jongler avec le pourcentage d’ADN endogène et les possibles contaminations… donc après les filtres de qualité, il reste 14 individus pour l’étude.
Et pour ces 14 individus ils ont appliqué une méthode de capture (oui je sais, il faut vraiment que je m’occupe de cet article sur les méthodes !), c’est-à-dire qu’ils ont ciblé un peu plus d’un million de positions sur le génome, plus l’ADN mitochondrial complet, plus une capture spécifique pour le chromosome Y (ils ont appelé cette capture YMCA, j’adore).
Et puis là, hop, on applique un nouveau filtre de qualité : pour la suite des analyses, ils ne gardent que les individus qui ont plus de 20 000 positions… et donc on passe de 14 individus à 13.

Et je trouve ça chouette, d’une part parce qu’ils expliquent très bien pourquoi ils ne conservent pas tous les individus et, d’autre part, ça vous illustre parfaitement bien l’approche populationnelle, entre ce qu’on aimerait faire et ce qu’on peut vraiment faire. Les aléas du boulot d’archéogénéticien quoi. 

Pour résumer parce que c’est pas si simple :
– Pour le chromosome Y et l’ADN mitochondrial (les marqueurs uniparentaux pour les intimes) : 14 individus
– Pour les données génomiques : 13 individus

Résultats

Organisation de l’espace funéraire, accès à la nécropole et composition de la communauté

On va commencer par le commencement.

La détermination du sexe génétique. Vous l’aurez compris, c’est un point important, d’autant plus dans ce type de nécropole très codifiée, avec un « costume funéraire » a priori genré. Et comme la conservation macroscopique des os n’est pas terrible et n’a pas permis une diagnose morphologique de tous les individus, c’est encore plus important.

Et là, surprise : 13 individus sont des hommes (XY)…et le 14e est une femme (XX quoi). 

Bon c’est bien chouette, mais on en fait quoi de cette information ?

Ce que j’apprécie particulièrement dans cette étude, c’est qu’ils restent factuels. Ok un des individus est une femme, et c’est inattendu vu les gestes funéraires. Ils reconnaissent qu’il y a dans ce cas une inadéquation entre le sexe biologique et le genre de cet individu, inhumé avec des pointes de flèches, considérées comme étant un artefact masculin dans ce contexte. Donc, son genre était surement masculin ce qui lui a permis d’avoir accès à cet espace funéraire dédié aux hommes. Point. Pas d’interprétation bizarroïde. Et c’est très bien. Car ce que la génétique apporte ici, même l’archéogénétique, c’est un fait. Et là moi je dis (et c’est MON avis) : amis archéologues, anthropologues, travaillant sur la question du genre… emparez-vous de ces données !

Bref. Ce qui est important à retenir ici, c’est que cette découverte n’est possible que parce que les auteurs ont eu une approche populationnelle (je le dis et je le répète, j’ai parfois l’impression de radoter, mais cette approche est cruciale lorsque l’on veut comprendre les communautés). 

Ensuite, nous pouvons passer aux données sur les marqueurs uniparentaux. Parce que là aussi c’est super intéressant et important pour comprendre / interpréter l’espace funéraire.

Parmi les 14 individus, les auteurs dénombrent 11 lignées mitochondriales (aka lignées maternelles) uniques, ce qui témoigne d’une importante diversité maternelle. Et au contraire, une diversité paternelle (chromosome Y) plutôt faible, avec seulement deux lignées observées, mais qui sont plutôt communes pour cette période.

Ce que ces infos nous disent, à ce stade-là, c’est qu’on peut exclure des liens de parentés entre individus sur la base des lignées maternelles (sauf les 2 paires d’individus qui partagent une lignée) mais qu’on ne peut pas exclure des liens de parenté sur la base des lignées paternelles.

Pour résoudre ce mystère, les chercheurs ont réalisé une analyse de liens de parenté et ont mis en évidence 2 paires d’individus qui partagent des liens de parenté au 1er degré (parents-enfants ou frère-sœur). Je suis navrée je trouve cette phrase absolument pas claire.

Bon pour le dire autrement, appuyons-nous sur les figures 1 et 2 (allez un petit effort, c’est juste un peu plus haut !)

Au sein du monument 8, deux individus sont inhumés (8-5 et 8-6) et ces deux individus sont parents au 1er degré. Étant donné qu’ils ne partagent pas la même lignée maternelle on peut exclure l’hypothese de deux frères. En revanche, ils ont la même lignée paternelle donc l’hypothèse des auteurs est qu’il s’agit d’un père et de son fils. Il semblerait que le monument ait été étendu pour inclure l’individu 8-5 (le fils) et que ceci révèle que le statut d’elite est perpétué de père en fils. 
Concernant la deuxième paire d’individus liés au 1er degré, la paire 953A-953B, il s’agit d’une sépulture double (attention, dans le cas précédent ce sont deux sépultures différentes au sein d’un même monument), avec un dépôt simultané des individus (j’insiste, le cas de figure est tout à fait différent !) sans monument apparent. Donc plusieurs hypothèses : est-ce que le monument a disparu ? Est-ce qu’il n’y avait pas de monument et qu’il s’agit donc d’une sépulture isolée ? Ce qui est sûr, c’est que le contexte est différent de la paire du monument 8 (je crois que c’est bon là, tout le monde a capté !).

Et c’est quand même super cool, parce que ça illustre, d’une part, la diversité des contextes, et, d’autre part, les limites des analyses… Ce n’est pas parce qu’on a les données ADN qu’on a toutes les réponses (n’en déplaise à certains paléogénéticiens…).

Donc résumons : une forte diversité maternelle, une plus faible diversité des lignées paternelles… qui n’est pas réellement due à des liens de parenté puisque seulement deux paires d’individus sont liées au 1er degré… ça nous dit quoi sur la communauté ? Je veux dire en terme de « taille »…

Une nouvelle analyse, ça vous tente ?

Les auteurs ont appliqué une analyse qui mesure le nombre et la taille des segments homozygotes chez un individu. En gros, de longs segments homozygotes (ROH pour Run of Homozygosity) signifient que les parents de ces individus partagent un degré de parenté. Et ça peut être le témoin d’une communauté de petite taille. Au contraire, si on trouve peu de longs ROH, on peut se dire que la communauté est suffisamment grande pour éviter que des individus apparentés aient des enfants… et / ou qu’il y a des règles d’union.

(Et là, je fais un aparté… Une communauté de taille suffisante ça peut vouloir dire que la taille effective de la population est importante et / ou qu’il y a des réseaux d’échanges avec des groupes plus ou moins lointains. Je ne sais pas si c’est suffisamment clair… Vous pouvez avoir plusieurs communautés de petite taille au sein desquelles vous ne pourrez pas identifier de longs ROH car les schémas matrimoniaux feront que vous irez chercher le père ou la mère de votre progéniture dans un groupe voisin. C’est plus clair ?).

Bref, revenons-en à nos « chasseurs » du Néolithique en Normandie. Seul un individu (voir Figure 3) présente de longs ROH, suggérant que ses parents pourraient avoir un degré de parenté (type cousin au 2nd degré)… Mais c’est tout. L’absence de longs ROH pour les autres individus tend plutôt à démontrer que le groupe ayant accès à la nécropole soit suffisamment important pour éviter la consanguinité. Et / ou qu’il y avait des règles d’union. 

Figure 3 – ROH pour les individus qui sont éligibles à cette analyse. En rouge, les ‘longs fragments’

Bon, mais si on part du principe que cette nécropole accueille une « élite », est-ce que ça ne fait pas beaucoup d’individus élus pour une même communauté (même large) ?

Autrement dit, est-ce qu’on est sûr d’être face à un seul groupe ?!

Pour répondre à cette (passionnante) question, les auteurs ont réalisé des tests de f3 (oui promis un jour je ferai ce post sur les méthodes, ça commence à devenir urgent). Ces tests vont permettre de quantifier les affinités entre deux individus. Ils ont donc fait ces tests pour toutes les paires d’individus… et n’ont pas détecté d’affinité particulière. Donc, l’hypothèse est que chaque monument de cette nécropole accueille une lignée unique… Et que donc le nombre d’individus non apparentés corresponde au nombre de groupes ayant accès à la nécropole.

En gros, on peut interpréter la nécropole de Fleury-sur-Orne comme une place centrale ou on aurait enterré les élites masculines (pardon, les individus PERCUS comme masculin, cf la madame inhumée) des groupes alentours.

Replacer Fleury-sur-Orne dans son contexte : le Néolithique moyen en France

Pour cette partie, je vous propose de partir de la lecture de l’ACP. C’est toujours une bonne idée de commencer par une ACP.

Figure 4 – Analyse en Composante Principale. A) ACP globale, B) petit Zoom sur Fleury. Et C) résultats des qpAdm

Ce qu’on remarque, c’est que les losanges oranges avec le liseré noir (qui sont donc nos individus de Fleury !) tombent dans la variabilité des individus contemporains du Néolithique moyen en France et même plus généralement d’Europe de l’Ouest. Mais, vos yeux perçants ont surement remarqué que deux individus (24-5 et 29-5) sont un peu à part, et sont des ‘outliers’, et sont les plus récents du site (voir Figure 2).

Il y aurait pas mal de choses à raconter sur le “genetic make-up” des individus de Fleury, mais je trouve vraiment que les données les plus cools du papier resident dans l’analyse de la fonction du site (cette place centrale où on inhume les élites) et je n’ai pas envie de vous noyer avec le reste…
Donc je vais faire vite.

Les diverses analyses réalisées (des f-statistiques globalement) mettent en évidence que les individus les plus anciens du site (19-5, 26-5, 28-6, 35-5 et 37-5) forment un cluster ce qui suggère une petite communauté ayant accès à ce site dans les phases anciennes… mais avec tout de même au moins deux lignées paternelles, représentées par les haplogroupes H2 et G2a (chromosome Y). Et aussi notons que les analyses supportent l’hypothèse d’une utilisation du site par des groupes locaux (de Normandie donc).

Concernant nos ‘outliers’, on ne peut pas dire grand chose pour l’individu 29-5 car les analyses sont contradictoires… et cela est probablement dû à la qualité des données. Je vous rappelle donc que les auteurs ont appliqué plusieurs filtres de qualité pour les individus, et n’ont gardé que ceux ayant plus de 20 000 positions sur le génome…

Mais là où ça se complique, c’est que lorsque l’on compare les individus entre eux, ce n’est pas dit qu’ils aient les mêmes 20 000 positions en commun. Donc parfois même quand on a plein d’individus avec théoriquement suffisamment de données, ce n’est pas suffisant.

Bon c’est quand même un peu dommage pour ce bonhomme 29-5, car en plus c’est l’individu dont le traitement funéraire diffère puisqu’il est inhumé dans un fossé à l’extérieur du monument et avec une tête de hache polie… Le mystère reste entier donc.

Concernant l’individu 24-5 par contre, rien ne le distingue des autres en terme de pratiques funéraires. La rupture chronologique suggère l’arrivée de nouveaux groupes qui vont utiliser cette nécropole, groupes qui ne sont pas génétiquement liés aux premiers occupants.
Etant donné la continuité dans les pratiques funéraires, les auteurs ne pensent pas qu’il s’agisse d’une utilisation opportuniste de monuments funéraires déjà en place mais suggèrent qu’il puisse s’agir d’un lien social et/ou généalogique symbolique…

Conclusions

Les deux points que j’ai envie de retenir sont :

  • La présence d’un individu de sexe féminin mais de genre masculin. Enfin je dis “genre masculin” mais en fait le genre de ces individus c’était peut-être “élite”. Peut-être que ces sociétés ne pensaient pas de façon binaire le féminin et le masculin, peut-être que le genre était plus social ?
    Bref, c’est toujours super cool de trouver des ‘anomalies’ et ça soulève beaucoup de questions. Le ‘problème’ (ou pas d’ailleurs, mais juste faut garder ça en tête) c’est qu’on regarde ces questions avec notre prisme de société occidentale du 21e siecle. Et dans notre société on déconstruit beaucoup les questions de sexe et de genre… mais peut-on appliquer ces questions et constructions du genre aux périodes les plus anciennes ? Est-ce que c’était seulement une idée qui pouvait effleurer l’esprit des ces individus ? L’archéologie du genre est une branche qui me questionne beaucoup… Et là on sort un peu du sujet de ce papier. Enfin oui et non. Ils n’en parlent pas en ces termes, mais concrètement que faire de cette information ? Rester neutre et avoir une approche “descriptive” comme ces auteurs ? C’est probablement ce que j’aurais choisi comme approche aussi. Tenter des explications ? Des hypothèses ? Est-ce qu’un seul individu est suffisant pour se lancer là-dedans ? A quel point nos propres conceptions vont influencer nos hypothèses ? Quel impact pour nos sociétés contemporaines ? Bref, ça me donne très envie de creuser ces questions, mais plus d’un point de vue théorique !!! Je crois que j’ai trouvé de quoi m’occuper cet été !
  • La non-représentativité de ce site en terme de communauté. Pour être plus claire, ce site a livré des individus qui sont une infime partie de la communauté. L’élite. Attention hein, je dis élite car je me réfère aux auteurs et aux données archéologiques.
    Et donc question subsidiaire : où sont les “autres” ? Est-ce qu’il y a un site équivalent pour les ‘non-élites’, c’est-à-dire un site qui accueillerait tous les autres individus des communautés de Fleury ? Ou est-ce qu’il faut chercher autant de cimetières que de lignées inhumées à Fleury ?

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I’m back: Archeogenomics of the Gauls

Non, je n’ai pas disparu !
Je suis navrée de vous avoir délaissés, mais j’ai été pas mal occupée avec ☞ ça 
Soumission, reviews, révisions… C’est un processus qui prend du temps ! (et puis ensuite j’ai pris des vacances) 

Mais voilà, l’avant dernier papier de ma thèse est publié ! Je me suis dit que c’était donc une chouette occasion de commencer les articles « décryptage » d’articles ! ça vous va ?!

Allez, c’est parti !

Le graphical abstract du papier. Pour info, toutes les figures sont les miennes…

Let’s begin with… le pourquoi de cet article.
Quelles sont les questions que nous avons voulu aborder et pourquoi.

Un des points qu’il me semble important d’aborder ici est la place des ‘Gaulois’ dans l’imaginaire français. Le fameux ‘Nos Ancêtres les Gaulois’. Cette idée date du 19e siècle, et a été introduite par Napoléon III, pour recréer une unité après les guerres de Prusse. C’est avec lui que la Commission Topographique des Gaules va fouiller Alesia. C’est aussi à lui que l’on doit la création du Musée d’Antiquités Gauloises (aujourd’hui le Musée d’Archéologie Nationale à St Germain en Laye). Bref. Nos Ancêtres les Gaulois est une construction liée a des évènements historiques. Mais qu’en est-il vraiment ? 

Finalement, on s’aperçoit assez rapidement que les ‘Gaulois’ sont (très) bien documentés du point de vue de l’archéologie… la diversité des pratiques culturelles et funéraires est connue. Mais que savons-nous de leur identité biologique ? Jusqu’à présent… pas grand-chose.

Donc ce qu’on a voulu faire c’est : décrire la variabilité des individus (et des groupes) en Gaule d’un point de vue génétique et la confronter aux données archéologiques. Nous avons aussi souhaité replacer cette variabilité à l’échelle de l’Europe de l’Ouest, en abordant les questions de mise en place des groupes et des interactions avec les groupes voisins.

Comment ?

La première étape a été de sélectionner des individus permettant de représenter, au mieux, la diversité culturelle. Attention cependant ! Il existe un biais dont on ne peut se défaire : la présence ou absence de restes humains. En effet, tous les groupes n’ont pas les mêmes pratiques funéraires, et certaines pratiques, notamment la crémation, ne permettent pas d’utiliser la paléogenomique comme outil. De ce fait, certaines régions sont absentes ou sous documentées… ce qui s’explique par la réalité de la donnée archéologique. Ensuite, nous avons voulu intégrer plusieurs individus provenant d’un même site puis d’une même région, afin d’avoir l’image la plus représentative possible du groupe (et, vous le verrez, ça a son importance par la suite !). Au total, nous avons sélectionné plus d’une centaine individus, mais, en raison de conditions de conservation de l’ADN variables, nous n’avons pu générer des génomes à faible couverture pour 49 individus. Afin d’augmenter la résolution de notre analyse, nous avons couple nos données à celles obtenues par une autre équipe en 2020, ce qui nous a permis d’avoir 65 individus de l’âge du Fer. 

Bon et alors, avec ces 65 individus, qu’est-ce qu’on a fait ?

La première étape est plutôt une étape de description de nos données. On va ainsi commencer par déterminer le sexe génétique des individus, regarder les lignées maternelles et paternelles… Dans notre cas, nous avons presque autant d’individus XX (N=32) que XY (N=33). Mais la répartition n’est pas très homogène, avec pas mal de femmes en Alsace, et très peu dans le reste du territoire.

Pour les marqueurs uni-parentaux, nos données mettent en évidence une forte diversité, avec des variations de fréquence entre chaque région. Et, point important, pour les lignées paternelles, on retrouve de la diversité, alors que pour la période précédente (l’âge du Bronze donc) on retrouve presque exclusivement l’haplogroupe R1b, arrivé en Europe vers 2500 BC, en même temps que la composante dite « Yamnaya » ou des « Steppes », apportée par les pasteurs des steppes pontiques et caspiennes. 

Ensuite, toujours dans une phase un peu descriptive, nous avons notre ACP, pour Analyse en Composante Principale. Pour cette étape, nous construisons l’ACP, le « canevas » si on veut, avec les populations modernes d’Europe et du Proche-Orient, et on « projette » ensuite nos individus anciens. Ce qu’on voit ici, c’est que les groupes de l’âge du Fer (France, Espagne, Angleterre) tombent dans la variabilité des populations modernes. Dit autrement, les populations de l’âge du Fer en France se superposent aux individus français actuels… ce qui témoigne d’une certaine continuité entre les populations… 

ACP avec les populations modernes et les populations de l’Age du Fer

Attention ! Spoiler alerte ! Cela ne veut pas dire que les Gaulois sont nos ancêtres directs ! Mais simplement qu’il n’y a pas eu d’évènements majeurs qui ont modifié le pool génétique…

Spoiler alerte bis ! Je ne dis pas qu’il n’y a pas eu d’autres évènements de migrations ou de métissages. Mais s’il y en a eu, ils ont impliqué des populations génétiquement proches… et/ou ils n’ont pas laissé de trace.

Ensuite, ce qu’on peut aussi mettre en évidence avec cette figure, c’est que les individus français (du Fer) se situent entre ceux d’Angleterre et ceux d’Espagne. Cette position intermédiaire est concordante avec la position géographique de la France, qui agit comme un carrefour entre le Nord (UK) et le Sud (Péninsule Ibérique).

C’est bien joli tout ça, mais à quoi ça sert ?
Et en quoi ça répond aux questions archéologiques ?  

Alors là il faut peut-être poser les questions justement… Pour faire simple, à chaque transition culturelle majeure (du Paléolithique au Néolithique, du Néolithique a l’âge du Bronze…) on peut se demander si ces changements sont dus à l’arrivée de nouvelles populations, porteuses d’un nouveau savoir-faire, de nouveaux outils… ou s’il s’agit d’acculturation, ou de changements liés a des évènements climatiques ou sociaux / économiques. Bref. La transition entre les âges du Bronze et du Fer ne fait pas exception. 

Pour répondre à cette question, nous avons plusieurs outils à notre disposition. Tout d’abord, notre amie l’ACP. Elle nous donne une bonne indication de ce qui se passe… et si on regarde la nôtre, on voit que les individus du Bronze et du Fer échantillonnés sur le territoire actuel français sont proches, et semblent avoir la même variabilité. Suite à cette observation, nous voulons tester statistiquement la continuité entre ces groupes. Et pour ça, on utilise deux outils : les qpWave, qui permettent de dire si deux individus (ou groupes) forment un clade ou pas, par rapport à des populations que l’on appelle « sources ». Pour notre analyse, les populations sources sont : les chasseurs-cueilleurs de l’Ouest de l’Europe (WHG), les fermiers d’Anatolie (Neo) et les pasteurs des Steppes (Yamnaya) qui sont les populations porteuses des 3 composantes majeures que l’on retrouve dans les populations modernes européennes. On applique ces qpWave à l’échelle de l’individu ou d’un groupe, et on peut subdiviser les groupes par régions géographiques… Et les résultats mettent ici en évidence une continuité, ou plutôt une absence de discontinuité entre les groupes du Bronze et du Fer. Alors si on regarde au niveau régional, c’est un peu moins clair, mais le nombre d’individus disponibles (que ce soit pour le Bronze ou le Fer) par région n’est pas identique… donc à nuancer… 

Bref j’ai parlé de deux outils : le deuxième c’est le qpAdm. Qui fonctionne comme le qpWave. On peut lui donner des populations sources et lui demander si nos individus (ou groupes) peuvent s’expliquer avec ces sources, et si oui, de quelle façon ? Donc en plus de nous dire « ok ton bonhomme on peut le modéliser avec 2 populations » il nous donne en plus la proportion de chaque population ! Et donc on fait tourner cet outil avec plein de populations « sources », notamment des populations de l’âge du Bronze français, mais aussi anglais, espagnol, allemand, italien… On teste plein plein plein de combinaisons et on regarde ce qui en sort. D’abord, il est important de noter que tous les résultats ne sont pas statistiquement fiables, certains modèles testés ne sont pas valides. Pour nos individus de l’âge du Fer en France, beaucoup de modèles ont été validés. Alors comment choisir ? Eh bien, nous sommes partis du principe de parcimonie… et des données archéologiques.

En somme, les individus de l’âge du Fer en France peuvent s’expliquer avec les groupes de l’âge du Bronze français.

Ce résultat, couplé à celui obtenu par le qpWave et les données archéologiques est en faveur d’une transition culturelle liée à des changements climatiques, sociaux ou encore économiques plutôt qu’à l’arrivée de nouvelles populations. 

Sinon, tu nous as parlé de la France comme carrefour, c’est quoi cette histoire ?

Ah oui, alors comme je le disais plus haut, la position intermédiaire des individus (on parle toujours des individus de l’âge du Fer pour ceux du fond qui n’ont pas suivi !) peut s’expliquer par la position géographique tout simplement. Et au niveau génétique, cette position s’explique par un gradient Nord/Sud de la composante Yamnaya (tu sais cette composante des « Steppes » arrivée en Europe vers 2500 BC). Et c’est chouette parce que ce gradient se retrouve même à l’échelle de la France, avec nos bonhommes de Normandie qui ont plus de cette composante que nos bonhommes de l’Hérault ! 

Magnifique figure qui présente en (A) la localisation des sites étudiés, en (B) la chronologie et en (C) une ACP avec les populations de l’Âge du Bronze et de l’age du Fer, avec un joli focus sur la France pour que vous puissiez admirer le gradient…

Et puis ça reste cohérent avec les données génétiques disponibles pour d’autres régions, comme l’Angleterre ou l’Espagne ET les données archéologiques. En somme, certaines de nos analyses ont mis en évidence de plus fortes affinités entre les individus de Normandie (attention cas particulier j’y reviendrai !) et l’Angleterre… et si on peut l’expliquer en partie par ce gradient N/S, on peut aussi l’expliquer par les sphères culturelles qui (co)existent, avec, par exemple, le complexe Bronze Atlantique qui perdure et forme un Premier Age du Fer Médio-Atlantique.

On échange des idées, des techniques, on partage des mobiliers communs, et pourquoi on n’échangerait pas nos gènes ?

Bon, et je vous le donne en mille, c’est en accord avec d’autres données obtenues par d’autres équipes, notamment ce papier ici qui met en avant des liens entre France et UK depuis au moins le Bronze Moyen.

Et puis pareil pour le Sud de la France, qui entretient des liens importants avec la Péninsule Ibérique… d’ailleurs ça porte même un nom : le complexe ibéro-languedocien !

Et là vous vous dites, bah t’es mignonne mais ton étude elle sert à quoi si les archéologues avaient déjà démontré tout ça ? Et bien elle sert a ajouter une dimension ! A illustrer le fait que les échanges de matériel, d’idées, peuvent aussi entrainer des échanges de gènes, créer des affinités plus fortes. Bref, on ajoute la dimension biologique, génétique et BOUM ça fait de l’archéo-génétique ! (Je vous renvoie ici pour mon point de vue sur la question). 

Un carrefour mais pas que…

La notion de carrefour, c’est évidemment l’idée de circulation. Et bien vous savez quoi ? Les gens circulent ! En plus de cette mobilité a « grande échelle » entre la France et d’autres pays, les gens circulent plus localement. En tout cas, c’est ce que nos analyses ont montré. Cette magnifique figure vous montre les individus que nous avons appelé les outliers. Petit aparté sur les outliers : ce sont des individus dont la signature génétique diffère de celle attendue pour la région et/ou la période. Donc l’étoile représente l’endroit où a été retrouvé l’individu. Et la carte est une carte de chaleur : plus c’est rouge, plus l’individu présente des affinités avec la région. 

Les fameuses cartes de chaleur. J’ai oublié dans le texte de préciser que ces cartes sont réalisées à partir des valeurs de f3, qui est un indice d’affinité que l’on calcule entre individus ou groupes…

Ah oui, mais pour ça j’aurais dû vous dire que nous avons découpé la France en régions, basées non seulement sur les données archéologiques mais aussi génétiques. Bref, je disais, plus c’est rouge plus c’est proche.

Prenons l’exemple de Bessan1248. C’est un individu super intéressant. Pourquoi ? Parce que c’est un adulte retrouvé inhumé dans le Sud de la France, et que ça c’est quelque chose de très inhabituel… d’habitude les adultes sont incinérés dans le Sud. Et là, en plus d’avoir un traitement funéraire particulier, il a une signature génétique différente…

Par contre, dans d’autres cas, comme par exemple en Alsace, nous avons mis en évidence des outliers mais qui, d’un point de vue funéraire, ne présentaient pas de différence. Et ça, ça nous dit quoi ? Que des « étrangers » pouvaient être inclus dans la communauté sans distinction de traitement…

Et puis pour compliquer tout ça nous avons aussi les cas inverses. Dans le Sud, vers Agde, les Grecs ont assez rapidement établi des colonies. Et dans la nécropole du Peyrou, un des individus est inhume à la grecque » (non pas avec des olives et de la feta !) et, curieusement, génétiquement, il est tout à fait « classique ». Alors, ça veut dire quoi ? Qu’on pouvait être « local » mais choisir d’adopter les traditions des colonies… Comme quoi l’intégration ça ne date pas d’hier. Hem. Passons.

Je souhaite aborder avec vous le cas de la Normandie. Nous ne détectons pas d’outliers pour cette région, et si vous avez tout suivi, c’est une région qui présente de très fortes affinités avec l’Angleterre. Et si je vous disais qu’il était nécessaire de nuancer ? Et, vous allez le voir, c’est là que tout l’intérêt de l’archeo-genetique va se manifester. 

Donc. La Normandie. Dans notre étude, cette région n’est représentée que par 3 individus, tous issus du même site : Urville-Nacqueville. Et ce site n’est même pas représentatif de la Normandie !!! C’est un site magnifique (j’exagère même pas) qui comprend un espace artisanal – qui a livré beaucoup de matériel mettant en évidence des liens avec l’Angleterre (la présence de bâtiment de plan circulaire, la lignite…) – et un espace funéraire. La nécropole est un grand ensemble de plus d’une centaine d’individus, qui a la caractéristique de présenter à la fois la pratique de la crémation et de l’inhumation. Or, ce qu’on retrouve essentiellement en Normandie à cette période, ce sont de petits ensembles funéraires avec exclusivement des crémations et une absence d’immatures. Et à Urville-Nacqueville, des immatures, on en a plein. Une des hypothèses est que le choix du traitement funéraire est lié à l’âge au décès : les individus de moins de 10 ans seraient inhumés, et les plus de 10 ans incinérés. Mais comme ce n’est jamais aussi simple, nous avons aussi des adultes inhumés. Et en plus dans une position que l’on appelle Durotrige, ou pseudo-Durotrige, qui est une position que l’on retrouve de façon contemporaine… dans le Sud de l’Angleterre !

Bon, je ne vous fais pas languir : les 3 bonhommes de notre étude sont des adultes inhumés dans cette position. Alors sont-ils représentatifs de la population ? Moui… Possible, tant qu’on n’a pas accès au reste de la population, c’est dur à dire (promis on travaille d’arrache-pied sur cette nécropole !). M’enfin toujours est-il que ça nuance, à mon sens, énormément le propos. Et cette nuance on peut l’avoir car on maitrise le contexte archéologique et funéraire.

Ai-je besoin d’en dire plus ? Je ne crois pas, mais si t’as des questions, je suis là !

Bon il y aurait encore plein de choses à dire sur ce papier. Et plein de chose à faire pour aller plus loin. Mais c’est déjà (très) dense, j’ai donc présenté les résultats qui me tiennent le plus à coeur, et qui, je l’espère, illustrent le mieux mon approche de la discipline… Si besoin, les commentaires sont là pour ça !

Et si on reprenait les bases (azotées – hahaha) ?

Comme promis… nous allons nous aventurer un peu plus en détail dans les méandres de l’ADN.

Et comme je ne sais pas qui me lit (bah ouais…) je vais reprendre un peu les bases. Juste histoire de.

L’ADN, c’est quoi ?

Je ne sais pas vous, mais moi quand j’entends « ADN », je revois le titre de mon cours de biologie de Seconde.

« ADN : unité et diversité du monde vivant »

Pourquoi unité ? Car c’est la base de tous les êtres vivants. On retrouve de l’ADN dans les plantes, les insectes, les animaux, les humains… Et même les virus et les bactéries. Ce qui, au passage, permet d’appliquer la paléogénétique à plein de domaines : certains bossent sur la domestication des plantes, sur l’évolution des espèces animales comme la vache, la chèvre ou le cheval… Et puis d’autres, comme moi, bossent sur de l’humain, sur Homo sapiens ou sur des espèces plus anciennes comme Neandertal, Denisova… et détectent des métissages entre ces espèces. Oula tiens je pense que je ferai un post rien que pour ça car c’est assez passionnant. Bref. Je me perds. Donc je disais, l’ADN est une molécule commune au vivant, mais pour ma part, pour ne pas dire de bêtise, je me contenterai de parler de ce que je connais le mieux, c’est-à-dire l’humain. 

Et donc le corollaire, pourquoi diversité ? Car malgré une structure commune, faite d’une double hélice composée de nucléotide. Tiens zut ça me fait penser, est-ce que quelqu’un vous a déjà dit ce que signifie ADN ? Acide DésoxyriboNucléique. Bon là j’ai tout dit et je n’ai rien dit… Donc l’ADN se compose : 

  • De bases azotées (aussi appelées bases nucléiques) au nombre de 4 : Cytosine (C), Guanine (G), Adénine (A) et Thymine (T)
  • De sucre (désoxyribose)
  • De phosphate
Structure de l’ADN (Par Pradana Aumars — Travail personnel, CC BY-SA 4.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=69714634)

J’en profite pour rappeler que la découverte de la structure en double hélice de l’ADN a été réalisée par Watson & Crick, en 1953. Ce qui leur a d’ailleurs valu un Prix Nobel. L’Histoire, comme souvent, a oublié la Femme derrière tout ça : Rosalind Franklin. Je m’égare, pardon.

Donc structure commune et diversité car le nombre de paires de bases constituant le génome n’est pas le même, les gènes qui codent pour des protéines sont différents…

Revenons-en à notre ADN humain. On en distingue 2 types au sein de nos cellules :

  • L’ADN nucléaire, contenu au sein du noyau de la cellule – et dont il n’existe qu’une seule version par cellule – se compose de plus de 3 milliards de paires de bases qui s’organisent en 23 paires de chromosomes (22 dit autosomes et 1 paire de chromosome sexuel, XX ou XY). On hérite à la fois de l’ADN de notre père et de notre mère ;
  • L’ADN mitochondrial, contenu dans les mitochondries est présent en de nombreuses copies dans une cellule et se compose de 16569 paires de bases. Contrairement à l’ADN nucléaire, c’est un ADN circulaire qui n’est transmis que par la mère. 

Voilà pour les généralités.

ADN mitochondrial et nucléaire
ADN mitochondrial et nucléaire
(Figure : © vetopsy.fr)

Et maintenant : les caractéristiques de l’ADN ancien

Comme je le disais ☞ ici, lorsque l’ADN est conservé, il est fragmenté, chimiquement modifié et présent en faible quantité.

Ceci est dû à l’action des enzymes (de l’individu et de l’environnement) qui vont venir agir sur la molécule d’ADN. Et comme l’individu est mort (oui, c’est le principe en archéologie), les mécanismes de réparation de l’ADN n’existent plus !

Bon déjà, vous l’aurez compris, la 1e condition c’est que l’ADN existe encore. Ça parait tout con mais bon, finalement, on n’a jamais la garantie qu’un échantillon contiendra de l’ADN. C’est d’ailleurs variable d’un élément anatomique à un autre et d’un individu à l’autre au sein d’un même contexte. Il existe des études qui ont tenté de calculer combien de temps l’ADN pouvait survivre. Mais je crois que l’étude de van der Valk et al., 2021, qui publie un ADN de mammouth de plus d’un million d’années a mis à mal ces théories…

Que signifie « l’ADN est fragmenté » ? Tout simplement que les brins sont cassés. De façon générale, la taille des fragments attendue en ADN ancien est d’environ 65-70 paires de bases. On est donc loin, très loin, de la molécule de 3.109 paires de bases ! C’est d’ailleurs un des critères d’authenticité de l’ADN ancien.

Ensuite, les modifications chimiques. On en distingue 4 types : l’oxydation (flèches bleues), l’autolyse, l’hydrolyse (flèches vertes) et les déaminations (flèches rouges). Cette dernière catégorie est aussi un critère d’authenticité de l’ADN ancien.


Dommages affectants une molécule d’ADN fossile (Hofreiter et al., 2001)

Et puis enfin, la quantité d’ADN endogène… Elle est très variable, comme je le disais, d’un élément anatomique a un autre (par exemple le taux d’ADN endogène est plus important dans le pétreux que dans une dent ou que dans un os long…) mais aussi d’un individu a un autre.

Mais comme vous êtes des lecteurs assidus, je suis sûre que vous vous dites que j’oublie aussi un paramètre !

 Eh oui ! ça dépend, aussi, de « quoi » on parle ! Étant donné que l’ADN nucléaire est présent en une seule copie, on aura plus de mal, ou moins de facilité comme vous préférez, à le récupérer que l’ADN mitochondrial. Ceci explique que pendant longtemps, on a essentiellement travaillé sur l’ADN mitochondrial !

Qu’est-ce qui favorise la préservation de l’ADN ?

Bon, a priori ce n’est pas tellement l’âge de l’échantillon… Des études avaient estimé une limite théorique a environ 100 000 ans (Hofreiter et al., 2001).

Donc le mammouth tout ça tout ça… 

Quoi alors ? Un ensemble de facteurs environnementaux, comme la température, le pH du sol ou encore l’humidité. Comme le montre la carte ci-après, les régions les plus froides semblent être les plus propices à la conservation de l’ADN. D’ailleurs le mammouth (le fameux !), il venait d’où ? Du nord-est de la Sibérie. En 2013, L. Orlando et collègues ont publié l’ADN d’une espèce disparue du genre Equus, dont le spécimen, daté de 560 à 780 000 ans, a été retrouvé dans le permafrost. Donc en gros le froid et l’ADN font bon ménage (la température est un paramètre important pour le bon fonctionnement des enzymes !).

D’ailleurs, jusqu’à présent (oui, je prends des précautions because you never know), nous n’avons pas réussi à extraire de l’ADN de vestiges brulés (genre des crémations) … 


Carte de répartition des génomes anciens obtenus (Marciniak et Perry, 2017)

Bon, je ne sais pas vous, mais personnellement, je trouve que ce post est déjà assez dense… alors je vous propose de remettre le laïus sur les méthodes à une prochaine fois !

Et donc, pour terminer…

Quelques trucs à retenir, utiles pour la suite :

  • ADN nucléaire VS ADN mitochondrial
  • SI l’ADN est présent, il est dégradé, fragmenté, en faible quantité
  • L’os pétreux (et même les osselets de l’oreille interne !) est l’élément anatomique qui donne les meilleurs résultats en termes de concentration de l’ADN

Archéogénétique, paléogénétique… Une question de sémantique ou de point de vue ?

Pour commencer… soyons clairs : les propos que je tiens ici (dans ce post) n’engagent que moi et ma vision de la discipline.

Vous avez sans doute remarqué que dans la description de ce blog je parle d’archéogénétique mais que dans le précédent post j’ai utilisé les termes paleogénétique et paleogénomique.
D’ailleurs, on peut aussi tout à fait parler d’archéogénomique – bah oui, pourquoi faire simple quand on peut faire compliqué ! [Mais… si vous avez tout lu (et retenu haha), vous savez que la différence entre génétique et génomique (au moins dans mon discours) est liée à l’approche méthodologique (☞ qui fera l’objet d’un post !)].

Pour simplifier le propos, je vais parler aujourd’hui de paleogénétique et d’archéogénétique.

Comme mentionné dans le premier article (☞ ici), la paleogénétique est une discipline récente (moins de 40 ans depuis la première publication) qui a nécessité la mise en place d’une méthodologie propre, comme par exemple la capacité à extraire de l’ADN des tissus minéralisés.
Mais pas uniquement !
Il a aussi fallu mettre au point des méthodes d’analyses statistiques adaptées à nos données (des données fragmentaires, chimiquement altérées… bref, en gros nos données ressemblent un peu à un gruyère 🧀 !).
En fait, dans cette discipline, tout était nouveau ! De l’obtention des données jusqu’à l’analyse…
Et comme dans toute discipline, les outils évoluent, les techniques s’affinent…
Bref, rien n’est gravé dans la roche (t’as la référence ?! 🎵).

Je sens que vous vous demandez où je veux en venir… Bah juste ici ☟! C’est parfait, on y est.

On peut donc, en ce sens, considérer la paleogénétique comme une discipline à part entière. Il y a des gens qui perfectionnent les protocoles pour extraire l’ADN et pour le sequencer… d’autres qui sont des geeks qui vont developper des outils statistiques, bio-informatiques pour les analyses…

Bon, et donc, l’archéogénétique dans tout ça ?

Vous aurez bien noté la contraction des mots archéologie et génétique. Parce que bon, la paleogénétique bosse sur quoi comme type de matos ?! Du matos archéologique. Bingo !

Et donc c’est là qu’intervient l’archéogénéticien : quelqu’un qui va utiliser la paleogénétique afin de répondre à une (ou des) question(s) archéologique(s).

Et donc, pour moi, qui me considère comme archéogénéticienne, la paleogénétique est une boîte à outils au service de l’archéologie (au même titre que les datations, les isotopes…).

Pour résumer (et encore une fois ça n’engage que moi), la paleogénétique est une discipline (avec ses développements propres) dont les outils sont utilisés par les archéogénéticiens avec l’objectif de répondre à une question archéologique.

En gros : tu peux developper des outils pour la paleogénétique sans être au fait des contextes archéologiques… et tu peux aussi utiliser ces outils dans un contexte particulier, sans pour autant être capable de developper ces outils.

‼️Attention nuance ! Il est primordial de comprendre à quoi servent
et comment fonctionnent les outils… ‼️

On sait tous se servir d’un couteau et dans quelles conditions l’utiliser. On sait, en fonction du contexte, s’il vaut mieux utiliser un couteau à viande ou à poisson. Pour autant on est pas tous capables de fabriquer le couteau. Tu vois où je veux en venir ?

Donc à l’avenir, cher lecteur, si tu decides de continuer ce voyage, sache que je parlerai de paléo-*quelque chose* quand je te présenterai les méthodes et d’archeo-*quelque chose* lorsque j’aborderai l’utilisation de la paléo-*truc* dans un contexte spécifique !

PS : je n’ai pas inventé le terme “archéogénétique“… c’est un terme que l’on doit à C. Renfrew en 2001, qui le mentionne dans un article intitulé ‘From molecular genetics to archaeogenetics‘ ainsi que dans un livre (co-édité par Colin Renfrew et Katie Boyle) ‘Archaeogenetics: DNA and the Population Prehistory of Europe’ (Cambridge: McDonald Institute for Archaeological Research, 2000. Pp. 342).

L’ADN ancien : histoire d’une (R)évolution

Pour ce premier article, je vous propose de plonger avec moi à la découverte de cette discipline, en empruntant un chemin plutôt épistémologique.

NB : Ce texte est une version française légèrement modifiée d’un article que j’ai écrit pour le blog du projet COMMIOS.

L’ADN ancien : un développement récent

Tout a commencé en 1984 avec Hichugi et son équipe, lorsqu’ils ont récupéré un fragment d’ADN sur un quagga empaillé, une espèce disparue à la fin du XIXe siècle. Cette découverte a été rapidement suivie par le premier ADN ancien humain ! En effet, à peine un an plus tard, en 1985, Svante Pääbo et ses collègues publient les données génétiques d’une momie égyptienne, morte il y a plus de 2000 ans… Pour être honnête , on s’est aperçu par la suite que ce résultat était dû à une contamination moderne. Mais qu’importe ! On savait que c’était possible, alors on l’a fait !
Et c’est ainsi que la paléogénétique est née.

Au cours des années suivantes, nous avons assisté à une course entre les équipes afin de publier l’ADN le plus ancien et, malheureusement, de nombreux résultats se sont avérés dus à des contaminations. Mais, somme toute, cela fut très instructif et a permis de développer des méthodes et d’établir des règles.

ADN ancien : quelques règles

Bon, maintenant que j’ai attisé votre curiosité… Vous êtes très certainement en train de trépigner d’impatience pour avoir la réponse à cette question : comment font-ils ?

Tout d’abord, laissez-moi vous dire quelques mots sur les caractéristiques de l’ADN ancien. Lorsque l’ADN est encore présent dans les échantillons (bah oui, c’est un peu la condition sine qua non), il est fragmenté (donc courts segments de nucléotides), dégradé (présente des altérations chimique) et en faible quantité.

L’un des développements majeurs (et qui n’est d’ailleurs pas seulement utilisé pour l’ADNa) est la PCR. Oui, je sais, cet acronyme est bien connu depuis le début de la crise du Co***, mais savez-vous vraiment ce que ça signifie ? Réaction en chaîne par polymérase. C’est la clef pour amplifier des fragments d’ADN, ce qui est absolument nécessaire lorsque l’ADN est en faible quantité. Et en plus, on a de la chance car ça fonctionne très bien sur les fragments courts (et si vous avez tout suivi vous vous souvenez que l’ADN ancien est fragmenté ! 😉).

Bon, mais encore faut-il pouvoir extraire ces fragments d’ADN… Comme vous l’avez peut-être remarqué, en 1984 et 1985, les résultats ont été obtenus à partir d’un animal empaillé et d’une momie, ce qui signifie que les équipes ont travaillé avec des tissus mous. Bon, je ne vais pas vous mentir, ce n’est pas vraiment ce qu’on trouve le plus souvent en contexte archéologique ! Ce qui nous amène donc au deuxième développement majeur de la paléogénétique : la possibilité d’extraire l’ADN des os et des dents, c’est-à-dire des tissus minéralisés. Je ne vais pas entrer dans les détails, mais c’est comme faire la cuisine, on suit une recette un protocole.
Mais ceci, mes amis, fut une avancée incroyable.

Nous savons donc comment extraire et amplifier l’ADN… Reste à savoir comment le faire correctement. Comme je vous l’ai déjà raconté, les premières publications sont malheureusement des contaminations. Ceci s’explique par des caractéristiques de l’ADN ancien (il est présent en faible quantité et en plus il est altéré, oui je sais, je radote !, mais promis, c’est important de garder ça en tête !). Si on extrait de l’ADN ancien et moderne (accidentellement !) et bien l’ADN moderne va être plus facile à récupérer (car il est présent en de multiples copies, et oui, vous avez tout suivi !). Ces problèmes de contamination ont donc permis de mettre en place des règles.
Ces règles comprennent le travail dans un laboratoire stérile – ou salle blanche (croyez-moi sur parole, c’est moi sur la photo !) -, échantillonner de façon stérile et, si ce n’est pas possible, décontaminer les échantillons… Ces règles ont été publiées par Cooper et Poinard en 2000, soit 16 ans après la première publication en paléogénétique, dans la revue Science, dans un article intitulé “Ancient DNA : Do It Right or Not at All”.

Une personne (ok, moi !) travaillant en salle blanche

De la paléogénétique à la paléogénomique

Il a donc fallu près de 20 ans pour mettre au point une méthode entièrement reproductible dans le domaine de l’ADN ancien (ce qui, à l’échelle de l’archéologie, peut sembler être une seconde). Et, vu que le “Sky is the limit”, comme disent nos collègues américains, les développements se sont poursuivis. Moins de 5 ans après l’article de Cooper et Poinard, et 21 ans après la toute première publication, le premier génome – ou du moins des parties du génome – d’un ours des cavernes datant de 40 000 ans a été publié (Noonan et al., 2005). Je sais ! C’est fou !

Et là vous vous dites ” Mais de quoi elle parle ? D’abord elle nous parle de paléogénétique et maintenant de paléogénomique… Je suis perdu(e) !”. Donc, rapidement : quelle est la différence entre la paléogénétique et la paléogénomique ? Je vous promets de vous en dire plus dans mon prochain article (#teasing de fou), mais en bref : en paléogénétique, nous travaillons a priori, c’est-à-dire que nous ciblons une région spécifique de l’ADN, et nous amplifions ce fragment par PCR. A contrario, en paléogénomique, on amplifie tout et on choisit la séquence d’intérêt a posteriori.

On avance encore un peu dans le temps, et cinq années plus tard, voici le premier génome humain ancien, un Eskimo du Groenland, mort il y a environ 4000 ans (Rasmussen et al., 2010).
On continue notre avancée dans le temps et nous voici en 2021. Hier quoi. Le “record” actuel, le “fameux ADN le plus ancien” a été publié. Il s’agit du génome de mammouth datant de plus d’un million d’années (van der Valk et al., 2021). 1,2 million d’années 🤯.

Prenons cinq minutes pour y réfléchir ensemble, si vous le voulez bien. Premier fragment d’ADN ancien publié en 1984. Plus ancien génome obtenu en 2021.
Trente-sept ans – c’est le temps qu’il a fallu pour accomplir quelque chose d’aussi incroyable.

Le développement de la paléogénomique : un boom depuis 2015

Une autre chose est assez incroyable : le nombre de génomes humains publiés… Et encore le graphique n’est pas à jour car une équipe (dont je fais partie) vient de publier près de 800 nouveaux génomes (Patterson et al., 2021), ce qui est, je crois, le jeu de données le plus important publié en une seule fois…

ADN ancien : le boom (https://reich.hms.harvard.edu/research)

Bon, mais regardons tout ça d’un peu plus près… En 2018, parmi les 1372 génomes humains anciens disponibles, 1144 provenaient d’Europe (et 400 étaient datés du Néolithique à l’âge du Bronze). Ceci témoigne donc de fortes disparités entre les régions et les périodes étudiées, qui s’expliquent, au moins partiellement, par des problématiques de conservation de l’ADN (promis, ce sera le sujet du prochain article !).

Lorsque j’ai terminé mon doctorat, à la fin de 2019, seules 26 données étaient disponibles pour l’âge du Fer en Europe occidentale. Ouaip, 26 (et les données que j’ai produites, of course !).
Et donc maintenant, grâce à un effort conjoint de différentes équipes, dont l’équipe COMMIOS à laquelle j’appartiens, plus de 500 données sont disponibles pour l’âge du Fer. D’ailleurs, je vous encourage vivement à lire cet article : ‘Large-scale migration into Britain during the Middle to Late Bronze Age’. Je pense même que ce sera le premier article que je décrypterai pour vous sur ce blog !

Voilà, c’est tout pour cette fois.
J’espère que vous avez apprécié cette histoire sur l’émergence de cette discipline et que vous êtes aussi impressionné que moi par la rapidité avec laquelle cette méthode a été développée !