Ancient DNA gives new insights into a Norman Neolithic monumental cemetery dedicated to male elites

Comme je suis, avouons-le, un peu biaisée… J’ai encore choisi un papier qui illustre à quel point on peut faire de jolies choses quand on intègre toutes les données à notre disposition. 

Un bel exemple d’archéo-génomique quoi.

Alors justement, dans ce papier, qu’avons-nous à disposition ?

Une nécropole fouillée de façon exhaustive et qui est une référence pour la Normandie et la culture de Cerny. C’est donc une nécropole dont les pratiques funéraires sont connues et bien documentées

Fleury-sur-Orne est un site néolithique de type Passy (i.e. avec de grands monuments) qui fait partie de la culture Cerny. Je ne suis pas néolithicienne, donc j’aurai du mal à vous en dire plus, mais de ce que j’ai compris, au sein de la culture de Cerny, les pratiques funéraires sont très codifiées et répondent à des règles de statut social et de genre. Une catégorie spécifique est celle des individus dits de « pouvoir », qui sont inhumés avec des flèches (et potentiellement des arcs) et identifiés comme étant des « chasseurs ». Et ce qui est chouette, c’est que les marqueurs d’activités sur les os confirment une activité d’archer. 

A Fleury-sur-Orne, 32 structures de type Passy ont été mise au jour (dont une qui était encore parfaitement préservée) et 17 sépultures sont associées à ces monuments. La plupart des monuments contiennent une sépulture, mais certains, comme les monuments 8, 31 et 37 contiennent deux sépultures et un (monument 28) en a livré 3. Et comme rien n’est jamais simple, il y a aussi une sépulture double qui n’est associée a aucun monument… Et vous pouvez voir tout ça sur la jolie figure ici.

Figure 1 – A) Plan de la nécropole de Fleury-sur-Orne ; B) Ce à quoi pourrait ressembler la nécropole (L. Juhel)

La conservation des restes humains n’étant pas idéale, le sexe morphologique n’a pu être déterminé pour tous les individus, mais il semble tout de même qu’il y ait une prévalence d’hommes. Et tous les individus sont des adultes, même s’il est compliqué d’être plus précis en termes de catégories d’âge.

Des dates. Et ça c’est bien pour comprendre la chronologie du site ! Je vous mets juste après la figure avec la chronologie. Donc ce qu’on voit c’est qu’il y a une majorité d’individus qui sont antérieurs a 4000 cal.BC, et que la phase principale d’occupation du site se situe entre 4600 et 4300 cal. BC. Mais, ce qui est super intéressant, c’est que 3 individus sont postérieurs à cette phase d’occupation, mais sont tout de même inhumes dans les monuments existants (monuments 24, 29 et 31).

Figure 2 – Une chouette figure qui regroupe les dates, le sexe des individus, les marqueurs uni-parentaux et les liens de parenté au 1er degré (on en reparle plus bas !)

Les données génomiques

C’est simple : ils ont tenté d’analyser tous les vestiges humains disponibles ! 9 bonhommes avaient déjà été analyses dans un précédent papier (☞ ici) et ils ont donc ajouté 6 individus. Sur les 19 individus disponibles, ils ont pu obtenir des données génomiques pour 15 d’entre eux. Les joies de l’ADN ancien : comme je vous le disais (mais si, , c’est écrit !) la conservation de l’ADN est aléatoire, au sein d’un même site certains individus vont nous donner de super résultats et d’autres vont préférer garder l’anonymat !

Bon, et puis ensuite il faut jongler avec le pourcentage d’ADN endogène et les possibles contaminations… donc après les filtres de qualité, il reste 14 individus pour l’étude.
Et pour ces 14 individus ils ont appliqué une méthode de capture (oui je sais, il faut vraiment que je m’occupe de cet article sur les méthodes !), c’est-à-dire qu’ils ont ciblé un peu plus d’un million de positions sur le génome, plus l’ADN mitochondrial complet, plus une capture spécifique pour le chromosome Y (ils ont appelé cette capture YMCA, j’adore).
Et puis là, hop, on applique un nouveau filtre de qualité : pour la suite des analyses, ils ne gardent que les individus qui ont plus de 20 000 positions… et donc on passe de 14 individus à 13.

Et je trouve ça chouette, d’une part parce qu’ils expliquent très bien pourquoi ils ne conservent pas tous les individus et, d’autre part, ça vous illustre parfaitement bien l’approche populationnelle, entre ce qu’on aimerait faire et ce qu’on peut vraiment faire. Les aléas du boulot d’archéogénéticien quoi. 

Pour résumer parce que c’est pas si simple :
– Pour le chromosome Y et l’ADN mitochondrial (les marqueurs uniparentaux pour les intimes) : 14 individus
– Pour les données génomiques : 13 individus

Résultats

Organisation de l’espace funéraire, accès à la nécropole et composition de la communauté

On va commencer par le commencement.

La détermination du sexe génétique. Vous l’aurez compris, c’est un point important, d’autant plus dans ce type de nécropole très codifiée, avec un « costume funéraire » a priori genré. Et comme la conservation macroscopique des os n’est pas terrible et n’a pas permis une diagnose morphologique de tous les individus, c’est encore plus important.

Et là, surprise : 13 individus sont des hommes (XY)…et le 14e est une femme (XX quoi). 

Bon c’est bien chouette, mais on en fait quoi de cette information ?

Ce que j’apprécie particulièrement dans cette étude, c’est qu’ils restent factuels. Ok un des individus est une femme, et c’est inattendu vu les gestes funéraires. Ils reconnaissent qu’il y a dans ce cas une inadéquation entre le sexe biologique et le genre de cet individu, inhumé avec des pointes de flèches, considérées comme étant un artefact masculin dans ce contexte. Donc, son genre était surement masculin ce qui lui a permis d’avoir accès à cet espace funéraire dédié aux hommes. Point. Pas d’interprétation bizarroïde. Et c’est très bien. Car ce que la génétique apporte ici, même l’archéogénétique, c’est un fait. Et là moi je dis (et c’est MON avis) : amis archéologues, anthropologues, travaillant sur la question du genre… emparez-vous de ces données !

Bref. Ce qui est important à retenir ici, c’est que cette découverte n’est possible que parce que les auteurs ont eu une approche populationnelle (je le dis et je le répète, j’ai parfois l’impression de radoter, mais cette approche est cruciale lorsque l’on veut comprendre les communautés). 

Ensuite, nous pouvons passer aux données sur les marqueurs uniparentaux. Parce que là aussi c’est super intéressant et important pour comprendre / interpréter l’espace funéraire.

Parmi les 14 individus, les auteurs dénombrent 11 lignées mitochondriales (aka lignées maternelles) uniques, ce qui témoigne d’une importante diversité maternelle. Et au contraire, une diversité paternelle (chromosome Y) plutôt faible, avec seulement deux lignées observées, mais qui sont plutôt communes pour cette période.

Ce que ces infos nous disent, à ce stade-là, c’est qu’on peut exclure des liens de parentés entre individus sur la base des lignées maternelles (sauf les 2 paires d’individus qui partagent une lignée) mais qu’on ne peut pas exclure des liens de parenté sur la base des lignées paternelles.

Pour résoudre ce mystère, les chercheurs ont réalisé une analyse de liens de parenté et ont mis en évidence 2 paires d’individus qui partagent des liens de parenté au 1er degré (parents-enfants ou frère-sœur). Je suis navrée je trouve cette phrase absolument pas claire.

Bon pour le dire autrement, appuyons-nous sur les figures 1 et 2 (allez un petit effort, c’est juste un peu plus haut !)

Au sein du monument 8, deux individus sont inhumés (8-5 et 8-6) et ces deux individus sont parents au 1er degré. Étant donné qu’ils ne partagent pas la même lignée maternelle on peut exclure l’hypothese de deux frères. En revanche, ils ont la même lignée paternelle donc l’hypothèse des auteurs est qu’il s’agit d’un père et de son fils. Il semblerait que le monument ait été étendu pour inclure l’individu 8-5 (le fils) et que ceci révèle que le statut d’elite est perpétué de père en fils. 
Concernant la deuxième paire d’individus liés au 1er degré, la paire 953A-953B, il s’agit d’une sépulture double (attention, dans le cas précédent ce sont deux sépultures différentes au sein d’un même monument), avec un dépôt simultané des individus (j’insiste, le cas de figure est tout à fait différent !) sans monument apparent. Donc plusieurs hypothèses : est-ce que le monument a disparu ? Est-ce qu’il n’y avait pas de monument et qu’il s’agit donc d’une sépulture isolée ? Ce qui est sûr, c’est que le contexte est différent de la paire du monument 8 (je crois que c’est bon là, tout le monde a capté !).

Et c’est quand même super cool, parce que ça illustre, d’une part, la diversité des contextes, et, d’autre part, les limites des analyses… Ce n’est pas parce qu’on a les données ADN qu’on a toutes les réponses (n’en déplaise à certains paléogénéticiens…).

Donc résumons : une forte diversité maternelle, une plus faible diversité des lignées paternelles… qui n’est pas réellement due à des liens de parenté puisque seulement deux paires d’individus sont liées au 1er degré… ça nous dit quoi sur la communauté ? Je veux dire en terme de « taille »…

Une nouvelle analyse, ça vous tente ?

Les auteurs ont appliqué une analyse qui mesure le nombre et la taille des segments homozygotes chez un individu. En gros, de longs segments homozygotes (ROH pour Run of Homozygosity) signifient que les parents de ces individus partagent un degré de parenté. Et ça peut être le témoin d’une communauté de petite taille. Au contraire, si on trouve peu de longs ROH, on peut se dire que la communauté est suffisamment grande pour éviter que des individus apparentés aient des enfants… et / ou qu’il y a des règles d’union.

(Et là, je fais un aparté… Une communauté de taille suffisante ça peut vouloir dire que la taille effective de la population est importante et / ou qu’il y a des réseaux d’échanges avec des groupes plus ou moins lointains. Je ne sais pas si c’est suffisamment clair… Vous pouvez avoir plusieurs communautés de petite taille au sein desquelles vous ne pourrez pas identifier de longs ROH car les schémas matrimoniaux feront que vous irez chercher le père ou la mère de votre progéniture dans un groupe voisin. C’est plus clair ?).

Bref, revenons-en à nos « chasseurs » du Néolithique en Normandie. Seul un individu (voir Figure 3) présente de longs ROH, suggérant que ses parents pourraient avoir un degré de parenté (type cousin au 2nd degré)… Mais c’est tout. L’absence de longs ROH pour les autres individus tend plutôt à démontrer que le groupe ayant accès à la nécropole soit suffisamment important pour éviter la consanguinité. Et / ou qu’il y avait des règles d’union. 

Figure 3 – ROH pour les individus qui sont éligibles à cette analyse. En rouge, les ‘longs fragments’

Bon, mais si on part du principe que cette nécropole accueille une « élite », est-ce que ça ne fait pas beaucoup d’individus élus pour une même communauté (même large) ?

Autrement dit, est-ce qu’on est sûr d’être face à un seul groupe ?!

Pour répondre à cette (passionnante) question, les auteurs ont réalisé des tests de f3 (oui promis un jour je ferai ce post sur les méthodes, ça commence à devenir urgent). Ces tests vont permettre de quantifier les affinités entre deux individus. Ils ont donc fait ces tests pour toutes les paires d’individus… et n’ont pas détecté d’affinité particulière. Donc, l’hypothèse est que chaque monument de cette nécropole accueille une lignée unique… Et que donc le nombre d’individus non apparentés corresponde au nombre de groupes ayant accès à la nécropole.

En gros, on peut interpréter la nécropole de Fleury-sur-Orne comme une place centrale ou on aurait enterré les élites masculines (pardon, les individus PERCUS comme masculin, cf la madame inhumée) des groupes alentours.

Replacer Fleury-sur-Orne dans son contexte : le Néolithique moyen en France

Pour cette partie, je vous propose de partir de la lecture de l’ACP. C’est toujours une bonne idée de commencer par une ACP.

Figure 4 – Analyse en Composante Principale. A) ACP globale, B) petit Zoom sur Fleury. Et C) résultats des qpAdm

Ce qu’on remarque, c’est que les losanges oranges avec le liseré noir (qui sont donc nos individus de Fleury !) tombent dans la variabilité des individus contemporains du Néolithique moyen en France et même plus généralement d’Europe de l’Ouest. Mais, vos yeux perçants ont surement remarqué que deux individus (24-5 et 29-5) sont un peu à part, et sont des ‘outliers’, et sont les plus récents du site (voir Figure 2).

Il y aurait pas mal de choses à raconter sur le “genetic make-up” des individus de Fleury, mais je trouve vraiment que les données les plus cools du papier resident dans l’analyse de la fonction du site (cette place centrale où on inhume les élites) et je n’ai pas envie de vous noyer avec le reste…
Donc je vais faire vite.

Les diverses analyses réalisées (des f-statistiques globalement) mettent en évidence que les individus les plus anciens du site (19-5, 26-5, 28-6, 35-5 et 37-5) forment un cluster ce qui suggère une petite communauté ayant accès à ce site dans les phases anciennes… mais avec tout de même au moins deux lignées paternelles, représentées par les haplogroupes H2 et G2a (chromosome Y). Et aussi notons que les analyses supportent l’hypothèse d’une utilisation du site par des groupes locaux (de Normandie donc).

Concernant nos ‘outliers’, on ne peut pas dire grand chose pour l’individu 29-5 car les analyses sont contradictoires… et cela est probablement dû à la qualité des données. Je vous rappelle donc que les auteurs ont appliqué plusieurs filtres de qualité pour les individus, et n’ont gardé que ceux ayant plus de 20 000 positions sur le génome…

Mais là où ça se complique, c’est que lorsque l’on compare les individus entre eux, ce n’est pas dit qu’ils aient les mêmes 20 000 positions en commun. Donc parfois même quand on a plein d’individus avec théoriquement suffisamment de données, ce n’est pas suffisant.

Bon c’est quand même un peu dommage pour ce bonhomme 29-5, car en plus c’est l’individu dont le traitement funéraire diffère puisqu’il est inhumé dans un fossé à l’extérieur du monument et avec une tête de hache polie… Le mystère reste entier donc.

Concernant l’individu 24-5 par contre, rien ne le distingue des autres en terme de pratiques funéraires. La rupture chronologique suggère l’arrivée de nouveaux groupes qui vont utiliser cette nécropole, groupes qui ne sont pas génétiquement liés aux premiers occupants.
Etant donné la continuité dans les pratiques funéraires, les auteurs ne pensent pas qu’il s’agisse d’une utilisation opportuniste de monuments funéraires déjà en place mais suggèrent qu’il puisse s’agir d’un lien social et/ou généalogique symbolique…

Conclusions

Les deux points que j’ai envie de retenir sont :

  • La présence d’un individu de sexe féminin mais de genre masculin. Enfin je dis “genre masculin” mais en fait le genre de ces individus c’était peut-être “élite”. Peut-être que ces sociétés ne pensaient pas de façon binaire le féminin et le masculin, peut-être que le genre était plus social ?
    Bref, c’est toujours super cool de trouver des ‘anomalies’ et ça soulève beaucoup de questions. Le ‘problème’ (ou pas d’ailleurs, mais juste faut garder ça en tête) c’est qu’on regarde ces questions avec notre prisme de société occidentale du 21e siecle. Et dans notre société on déconstruit beaucoup les questions de sexe et de genre… mais peut-on appliquer ces questions et constructions du genre aux périodes les plus anciennes ? Est-ce que c’était seulement une idée qui pouvait effleurer l’esprit des ces individus ? L’archéologie du genre est une branche qui me questionne beaucoup… Et là on sort un peu du sujet de ce papier. Enfin oui et non. Ils n’en parlent pas en ces termes, mais concrètement que faire de cette information ? Rester neutre et avoir une approche “descriptive” comme ces auteurs ? C’est probablement ce que j’aurais choisi comme approche aussi. Tenter des explications ? Des hypothèses ? Est-ce qu’un seul individu est suffisant pour se lancer là-dedans ? A quel point nos propres conceptions vont influencer nos hypothèses ? Quel impact pour nos sociétés contemporaines ? Bref, ça me donne très envie de creuser ces questions, mais plus d’un point de vue théorique !!! Je crois que j’ai trouvé de quoi m’occuper cet été !
  • La non-représentativité de ce site en terme de communauté. Pour être plus claire, ce site a livré des individus qui sont une infime partie de la communauté. L’élite. Attention hein, je dis élite car je me réfère aux auteurs et aux données archéologiques.
    Et donc question subsidiaire : où sont les “autres” ? Est-ce qu’il y a un site équivalent pour les ‘non-élites’, c’est-à-dire un site qui accueillerait tous les autres individus des communautés de Fleury ? Ou est-ce qu’il faut chercher autant de cimetières que de lignées inhumées à Fleury ?

2 thoughts on “Ancient DNA gives new insights into a Norman Neolithic monumental cemetery dedicated to male elites

  1. Bonjour Claire-Élise,

    J’ai beaucoup aimé votre article très clair, votre façon de présenter les résultats et les questionnements, notamment sur le genre. Il est toujours difficile d’appréhender les questions sociales et sociétales préhistoriques. Mais c’est toujours passionnant.

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